O trabalho desenvolvido nas CPCJ, prende-se com a gestão de processos de promoção e proteção, nas suas várias dimensões: análise/apreciação de sinalizações; avaliação diagnóstica, enquadrada nos modelos concetuais de intervenção ecológica e de natureza sistémica; deliberação de medidas de promoção e proteção, tendo em conta a lei de proteção de crianças e jovens em perigo (LPCJP), execução e acompanhamento e revisão de medida de promoção e proteção. Uma das técnicas do serviço de intervenção social da JFO integra a Comissão de Proteção de Crianças e Jovens em Perigo – Lisboa Oriental nas modalidades restrita e alargada, enquanto técnica cooptada.